آیت الله سیستانی جزو اندک فقیهانی است که وجود برخی مشابهت‌ها در اندیشه‌ها و تقریرات دروسش با مباحث فلسفه حقوق و همچنین توجّه به مصلحت عمومی نظر پژوهشگران را به خود جلب کرده و بنابر این اهمّیت پرداختن به این اندیشه‌ها را بیش از پیش نمایان می‌سازد. اندیشه‌های ایشان در باب اعتبار قانونی، توجّه به اهداف و روح شریعت، تأکید بر عنصر «حق» به جای «تکلیف» در نوشته‌ها و بیانیه‌ها، اعتقاد به محوریت مصالح عمومی مردم در اعمال ولایت عامه توسّط پیامبر(ص) و امامان(ع) و... بخشی از این نوع اندیشه‌ها هستند که نگارنده این سطور در برخی نوشته‌های خود به آنها پرداخته است.
یکی دیگر از نظرات قابل توجّه آیت‌الله سیستانی را می‌توان در نگرش ایشان به نسبت عقل و شریعت(به معنای اعم) پی گرفت. طبق آنچه در تقریرات «مباحث الحجج»(به قلم سید محمدعلی ربانی) آمده، آیت‌الله سیستانی ضمن بحث درباره حجیت خبر واحد به معیارهایی که محقق حلّی در «معارج الأصول» به نقل از شیخ مفید بیان کرده اشاره کرده که البتّه شایسته است در پژوهشی جداگانه به آنچه محقق حلّی نقل کرده و تفاوت آن با نقل‌های کتب اصولی نسل‌های بعد پرداخته شود. اعتقاد شیخ مفید طبق گزارش معارج(ص187) اینچنین است: «قال شيخنا المفيد « ره » : خبر الواحد القاطع للعذر هو الذي يقترن إليه دليل يفضى بالنظر فيه إلى العلم ، وربما يكون ذلك اجماعا أو شاهدا من عقل ، أو حاكما من قياس .»
این عبارت را می‌توان از جهات گوناگون مورد مطالعه و پژوهش قرار داد. برای نمونه در نگاه نخست پرسشهایی از این دست به ذهن متبادر می‌گردد:
- چگونه شیخ مفید که بر استاد خود «ابن‌جنید» به سبب اعتقادش به قیاس ردّیه نوشته از «قیاس» به عنوان یکی از معیارهای ارزیابی خبر واحد نام برده است؟
- آیا میان این اعتقاد شیخ مفید با آنچه در اصول فقه سنّی درباره اعتقاد به قیاس به عنوان یکی از مرجّحات باب تعارض آمده ارتباطی وجود دارد؟ به بیان دیگر آیا ممکن است که شیخ مفید همچون برخی اصولیان عامه موافقت با قیاس را به عنوان یکی از مرجّحات باب تعارض پذیرفته باشد؟(شیخ انصاری در فرائد الأصول به این مسأله پرداخته و گزارشی اجمالی از آن ارائه داده است. برای نمونه بر پایه عبارات سید مجاهد در مفاتیح الاصول از او به عنوان یکی از معتقدان به مرجّحیت قیاس هنگام تعارض نام برده و سپس این دیدگاه را نقد کرده است. 1

برای مشاهده توضیحات بیشتر ن.ک: فرائد الاصول، ج4، صص 145-143

)
- آثار اصولی پس از معارج، این عبارت را چگونه نقل کرده و چه توضیحی درباره آن ارائه داده‌اند؟ و...
البته به نظر می‌رسد تفسیر آیت‌الله سیستانی درباره «قیاس» یاد شده نیز محلّ تأمّل باشد که باید در مجالی دیگر به آن پرداخته شود.
نکته قابل توجّه دیگر، تفسیر آیت الله سیستانی از تعبیر «أو شاهداً من عقل» در کلام شیخ مفید است. ترجمه عبارات ایشان اینچنین است:
«شاهد عقلی بر اساس تفسیر مختار ما عبارت است از آنچه توضیحش در مبحث حسن و قبح عقلی آمد و آن عبارت است از قانون فطری الهام شده که خداوند آن را در نفوس بشری به ودیعت نهاده است و نسبت این قانون طبیعی با شرایع الهی که پیامبران به آن همّت گمارده‌اند نسبت اصل به فرع است. بدین معنا که پیامبران به تبیین و توضیح آن دسته از قوانین اجمالی مرتکز در ذهن بشری پرداخته و چنانچه از امر مهمّی فروگذار شده باشد تکمیلش نموده‌اند. پس نسبت شرایع الهی به ویژه شریعت اسلام با آنچه در ضمیر انسانی قرار گرفته نسبت «مبیِّن» است. 2

به موجب آیه «فألهمها فجورها و تقواها»

(مباحث الحجج، ص12)
آیت‌الله سیستانی سپس به آیاتی که دالّ بر حسن و قبح ذاتی هستند اشاره کرده و اینگونه توضیح را تکمیل کرده است:
«حاصل آن است که پیامبران برانگیخته شدند تا آنچه در عقول و نفوس بشری وجود دارد را توضیح دهند و می‌توان آن را «قانون فطری» به شمار آورد.» ایشان همچنین در توضیح «تلک حدودالله» در آیه 239 سوره بقره معتقد است که «مراد از حدود، مقدار است. به این معنا که اگر ابهام یا اجمالی در برخی مفاهیم مانند «عدل» وجود داشته باشد شرایع الهی آن را تبیین می‌کنند... بنا بر این نقش پیامبران، پنددهی، یادآوری و همچنین زدودن حجاب‌های ایجاد شده است و شرایع نیز تبیین کننده قانون فطری هستند. قانونی که متجدّدان آن را قانون طبیعی نامیده‌اند و ما به آن «قانون فطری» می‌گوییم.»(مباحث الحجج، ص13)
بنا بر این نگرش، شریعت تفصیل عقل است. البته به نظر می‌رسد آیت‌الله سیستانی این نام‌گذاری را به موجب آیه 30 سوره روم انجام داده است(...فطرة الله الّتی فطر الناس علیها...) و کسانی همچون توماس آکوئیناس که درباره حقوق طبیعی سخن گفته‌اند نیز میان «قانون طبیعی» و «قانون الهی و فطری» تفاوت قائل شده‌ و این دو را یک چیز نپنداشته‌ است. همچنین بسان بسیاری از مباحث دیگر نباید از اثرپذیری ایشان از میرزا مهدی اصفهانی نیز غافل شد. برای نمونه درباره جایگاه عقل و شرع(وحی) در اندیشه این دو، مقایسه عباراتی که در این نوشتار مورد توجّه قرار گرفته با باب چهاردهم کتاب «ابواب الهدی» بر وجود این مشابهت‌ گواهی می‌دهد و خود می‌تواند موضوع پژوهشی جداگانه قرار گیرد.